使用scVelo进行RNA velocity分析-01 - 简书
2021年11月24日 · scVelo于2020年发表在 Nature Biotechnology，对最初的 RNA velocity研究 及其附带的软件 velocyto 进行了多项改进。 本教程是介绍如何使用python包scVelo对单细胞RNA-seq数据 (scRNA-seq)进行RNA速率分析。
scVelo - RNA velocity generalized through dynamical modeling
scVelo is a scalable toolkit for RNA velocity analysis in single cells; RNA velocity enables the recovery of directed dynamic information by leveraging splicing kinetics [Manno et al., 2018]. scVelo collects different methods for inferring RNA velocity using an expectation-maximization framework [Bergen et al., 2020] or metabolically labeled tra...
compare with monocle? · theislab scvelo · Discussion #558 - GitHub
2021年7月27日 · Thanks for develop this useful tools, I use my 10x data to perform RNA velocity analysis with scvelo and also perform trajectory inference using monocle, and I find the result of scvelo and monocle are significantly different, so in order to inference the direction of differentiation and development, which result is more reliable？
单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具 - 简书
2020年3月30日 · 随着令人震惊的发现，未剪接和剪接的mRNA丰度可以在标准的单细protocols胞中进行区分，La Manno等人 (2018)引入了RNA速度 (RNA velocity)的概念。 通过将测量结果与潜在的mRNA剪接动力学联系起来，探索定向轨迹的推断：特定基因的转录诱导导致 (新转录的)前体未剪接mRNA的增加，而相反，转录的抑制或缺失导致未剪接mRNA的减少。 因此，通过将未剪接的mRNA与成熟的剪接mRNA进行区分，可以近似地得到mRNA丰度的变化，即其时间导数， …
compare with monocle? · Issue #557 · theislab/scvelo - GitHub
2021年7月27日 · Thanks for develop this useful tools, I use my 10x data to perform RNA velocity analysis with scvelo and also perform trajectory inference using monocle, and I find the result of scvelo and monocle are significantly different, so in order to inference the direction of differentiation and development, which result is more reliable？
scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度 - 简书
这篇文章中新开发的scVelo (https://scvelo.org)，基于最大似然数的动力学模型解决了剪接动力学的完整转录动力学，从而解决了这些限制。 因此，scVelo将RNA速率推广包括常见的发育以及对微扰动反应的瞬时细胞状态在内的各种系统。 代码实现参考： https://scvelo.readthedocs.io/installation.html# 序言：七十年代末，一起剥皮案震惊了整个滨河市，随后出现的几起案子，更是在滨河造成了极大的恐慌，老刑警刘岩，带你破解... 序言：滨河 …
RNAvelocity 9：scVelo应用—动力学模型 - 腾讯云
2021年10月9日 · 我们运行动力学模型来学习剪切动力的完整转录动力学。 它基于可能性的期望最大化框架，通过反复估计反应速率和潜在细胞特异变量的参数，即转录状态和细胞内部潜在时间，旨在了解每个基因的未剪切/剪切相轨迹。 finished (0:13:31) --> added. 'fit_pars', fitted parameters for splicing dynamics (adata.var) [6]: . finished (0:00:04) --> added. 'velocity', velocity vectors for each individual cell (adata.layers) . finished (0:00:08) --> added.
单细胞文章打卡61-NBT-scVelo - 知乎 - 知乎专栏
2020年8月31日 · 这个相较于之前18年的Nature文章提出的RNA速率的概念的基础上，并对之前的数学模型做了进一步优化，在这篇文章中提出了更全面更准确的模型和方法。 首先，在Introduction中他们提到了一个：其实目前大部分的拟时间数据分析算法都是 similarity-based pseudo-time methods，而对于他们现在提出的这个算法更多是：likelihood-based dynamical model。 额，很想深入了解每一个算法，所以这篇文章我详细的全部细节的看一遍，可能对相 …
scVelo技术文档 - CSDN博客
2024年10月18日 · scVelo是一款专为单细胞RNA速度分析设计的可扩展 工具包，通过利用剪接动力学，它能够揭示细胞动态过程中的定向信息。 本文档旨在指导用户安装、使用scVelo，并理解其API，确保您能充分利用该工具进行复杂的单细胞 数据分析。 scVelo可通过Python 包管理器 pip轻松安装。 打开终端或命令提示符，并输入以下命令来获取最新版本： 为了保证最佳兼容性和性能，请确认您的Python环境已更新至3.7或更高版本。 一旦安装完成，您可以导入scVelo到您 …
scVelo - RNA velocity generalized through dynamical modeling
scVelo is compatible with scanpy and hosts efficient implementations of all RNA velocity models. estimate RNA velocity to study cellular dynamics. identify putative driver genes and regimes of regulatory changes. infer a latent time to reconstruct the …